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愛称ドキ伝、またはドキグル。再アニメ化希望の多さから再度アニメ化されたもの。2000年4月4日から2000年12月26日まで全38話がテレビ東京系にて放映された。
現在トゥーン・ディズニーにて16時30分月曜日から金曜日の平日と土曜日午後10時00分に5話連続で再放送中。
タイトルの頭部は、原作の連載誌『月刊少年ガンガン』で、読者から募集して決められた。ちなみに名付け親はかつて存在した「衛藤ヒロユキ公認ファンクラブ」の会員。
第1作から補完する目的もあり、ストーリーは原作第5巻から第11巻序盤までとなっている。ストーリーの辻褄を合わせるため、アニメオリジナル展開であった第1作の30話以降は無かったことにされており、第1話の時間軸は妖精の村編直後となる。キラキラなど原作とアニメで違いのあった設定も原作基準になっている。
今作では日本アニメーション初の完全デジタルアニメーションとなった。アニメオリジナルストーリーである第22話や第38話は原作者の手が大幅に加わっているとされる。
ニケ役が前作の瀧本富士子から南央美に交代されており、公式には瀧本富士子のスケジュールの都合とされているが、交代の以前から瀧本富士子と所属事務所のアーツビジョンとの間にトラブルがあったことも知られている。また、日本アニメーションと日俳連（日本俳優連合）との二次使用料問題で組合員の出演が一部制限されたされたことや、ジュジュ役の天野由梨が引退（後に復帰）、ゴチンコ役の安西正弘が病気療養等、以上の理由で大幅に交代を余儀なくされている。前作からの声優交代は以下の通り。
『砂の器』、『八甲田山』に続く、橋本プロダクション制作作品。1982年9月11日公開。原作・脚本・監督は、橋本プロ代表の脚本家、橋本忍。
ヒロイン選定においては一般オーディションが行われ、出場者1627人の中から南條玲子が選ばれ、女優としての本格的デビューを果たした。
「ネオ・サスペンス」と称し、雄琴のトルコ嬢の愛犬の死を発端とする壮大な物語が展開される大作であったが、あまりに難解な内容のため客足が伸びず、公開からわずか一週間(二週間とも言われる)で打ち切られる事となった。その際、その年の夏休み映画だったたのきんトリオの『ハイティーン・ブギ』が急遽再上映されることとなった。この映画に続いて公開されるはずだった映画は、橋本と共に『八甲田山』を作った森谷司郎監督、高倉健主演の『海峡』である。
以降、2003年にDVD化されるまで、名画座のレイトショー等でも滅多に上映されず（東宝がフィルムを出したがらなかったためと言われる）、ビデオ化もテレビ放映もされなかったという、文字通り「幻の」作品だった。また、日本を代表する脚本家であった橋本は、この作品の失敗で映画界での信頼を失ったとされ、1986年頃に2本の映画の脚本を執筆した程度で、事実上の引退状態となった。
1995年頃から、一部の映画評論本によって取り上げられるようになり、意味深とも意味不明とも取れる内容が新世代のファンにカルトな人気を呼び、現在では『シベリア超特急』（水野晴郎監督）に並ぶ日本屈指のカルト映画として、前述のDVD化をはじめとした投資信託
がなされている。それと期を一にしてか、橋本自身の映画人としての活動も復活しつつある（詳細については、橋本忍の項を参照のこと）。
東宝創立50周年記念作品にして、昭和57年度文化庁芸術祭参加作品（東宝創立50周年記念映画として公開されたのはこの作品だけではない
雄琴のソープランド街で「お市」の源氏名で働くソープ嬢道子は、愛犬シロと琵琶湖の西岸でマラソンをするのが日課であった。そんな彼女が近頃気になっているのは、葛篭尾崎の付近を走っていると時折聞こえる、哀しげな笛の音だった。
そんなある日、道子の心の支えだった愛犬のシロが和邇浜で殺されてるのが見つかった。凶器の包丁と様々な証言をもとに犯人が東京の作曲家日夏という男だと探りあてたものの、警察は頼りにならず、怒った道子は自ら東京へと乗り込む。
かつて道子の店にソープ嬢として潜入していた米国の諜報員ローザの尽力で、日夏の住所とジョギングが趣味である事を知った道子は、得意のマラソンで日夏を「倒れるまで走らせてやる」と決意する。
復讐決行の日。道子はジョギングに出かける日夏の後をつけ、駒沢オリンピック公園に入った所で日夏を後ろから執拗に煽る。しかし都会の空気に不慣れな道子はペースを乱し、スパートをかけた日夏に逃げ去られてしまった。肉体的にも精神的にも敗北感にさいなまれ、資産運用
は公園を彷徨う。
復讐に失敗し雄琴に帰った失意の道子を待っていたのは、知り合いの銀行員倉田からのドライブの誘い、そして求婚だった。初めて琵琶湖の東岸を旅したことで暗い情念からも解放された道子は、倉田の求婚を受け入れる。
そんな折、道子は葛篭尾崎で、かの哀しげな笛を吹いていた男に出会う。男が笛の由来として話すのは戦国時代、近江の浅井長政の妻「お市」にまつわる、哀しい物語だった。男はその哀しげな笛で、織田信長に殺され葛篭尾崎に沈められたお市の侍女「みつ」の魂を鎮めていたのだ。そして宇宙パルサーである自分は、ある目的で近く大気圏外へ飛び立つのだという。
男の話を通じ、史実の「お市」もまた、大切な人をシロのように理不尽に殺されていたのを知った道子は、ただの源氏名だったお市の存在に深く共感し、涙を流す。しかし今更どうにもならない事であった。
結婚のためソープ嬢を辞めようとしていた矢先、なんと偶然にも作曲家の日夏が雄琴の道子の店に現れた。「外国為替証拠金取引
に沈んだ女の恨み節を書きに来た」と道子に気づかず軽薄に笑う日夏。いまや激しい怨念の虜となった道子は、シロを殺した凶器の包丁をやおらひっつかんで日夏を追い回す。
日夏は店の外に逃げ出し、琵琶湖のほとりで過酷なマラソン対決が始まった。シロや倉田の幻にも支えられ、日夏を追って追ってひたすら追いかけた道子は、琵琶湖大橋のたもとでとうとう日夏の足を止める事に成功した。
「勝ったわよ、シロ！」快哉を叫んだ道子が日夏に包丁を突き刺した頃、笛の男は地上からはるか上空の地球の衛星軌道にいた。男はスペースシャトルの船外に出ると、琵琶湖を見守る位置に鎮魂の笛を静止させた。琵琶湖の水が枯れ果て「幻の湖」となる遠い未来までも、笛が地上を見守ることができるように。
1988年（第11回）日本アカデミー賞・最優秀作品賞、最優秀主演男優賞（山崎努）、最優秀主演女優賞（宮本信子）、最優秀助演男優賞（津川雅彦）受賞と、当該年度のアカデミー賞をほぼ総なめにした。
また、作品の成功を受けてカプコンがファミリーコンピュータ向けにゲーム化、翌年には続編の『マルサの女2』が製作された。DVDビデオは2005年2月に限定版の「伊丹十三コレクション たたかうオンナBOX」に組み込まれてジェネオンエンタテインメントから発売、追って2005年8月にメイキングDVD「マルサの女をマルサする」(周防正行演出)と同時に単品でリリースされている。
港町税務署のやり手の署員・板倉亮子は、管内のパチンコ屋の脱税、老夫婦の経営する食品店の売上計上漏れを指摘するなど、地味な仕事を続ける毎日。そんなある日、権藤英樹の経営するラブホテルに脱税のにおいを感じて聞き取り調査を行うが、強制調査権限のない税務署の限界もあり、巧妙に仕組まれた脱税を暴くことができない。
そんなある日、亮子は強制調査権限を持つ国税局査察官（通称「マルサ」）に抜擢され、異動となる。女性らしい視点から数々の功績をあげ、やがて仲間からの信頼も得るようになった亮子。ある日、権藤に捨てられた女からの密告がマルサに入る。税務署時代から目をつけていた権藤の捜査に気合いが入る亮子。そして権藤に対する本格的な調査が始まる事になった。暴力団、政治家、銀行、地上げ屋が一体となった巨悪との戦いが始まった……